ファイル名の付け方
PhotoshopやIllustrator、Flashのデータは、Mac OS上でも使うことが出来ます。逆にMac OSで作成したデータをWindows上で使うことも可能です。
よって、以下の点を踏まえて、ファイルを保存しておけば良いと思います。
フォルダ名とファイル名
フォルダ名やファイル名に日本語を使って管理することは、珍しくありません。
しかし、機種依存文字などを除いてフォルダ名やファイル名を付けるべきです。
Mac OSの機種依存文字は以下の物です。

Windowsの機種依存文字は以下の物です。

共通しているように見えるものもありますが、Mac OSとWindowsでファイルをやり取りした場合にそれらの文字を使うと、別の文字に変換されて表示されてしまいます。
拡張子
ファイルには、拡張子を付ける。
Photoshopであれば、psd。

Illustratorであれば、ai。

Flashrであれば、fla。

アウトライン化
Illustratorでは文字入力に様々な種類のフォントを扱うことができます。
この文字部分をそのままの状態にして、データを開くと環境によって異なるフォントで出力されてしまいます。
なので、確認用に必ず文字データをオブジェクトデータに変換(アウトライン化)したデータを一緒に保存しておくといいでしょう。
また同じフォントが入っている環境で開いた場合も、詰め文字の情報等が反映されないこともあるので、アウトライン化したデータは、あると便利です。
例)
新宿駅_都庁_地図.ai
新宿駅_都庁_地図_outline.ai

配置した画像を含ませる
Illustratorファイル内に配置画像がある場合は、単独で開けるようにファイル保存時に「配置した画像を含む」にチェックを入れて保存します。
無い場合は、グレーアウトしているのでチェックなしで大丈夫です。

Flashデータの保存
Flashは様々な画像や音声などで制作するので、これらすべてのファイルを一つのディレクトリにまとめて保存します。
もちろん、jpgデータにする前のPhotoshopデータ(psdデータ)なども一緒に保存しましょう。

では、次に「レイヤー名の付け方」に進みます。
